Digimon Xros Warsissa on erilaisia digimonarmeijoita. Kutakin armeijaa johtaa kenraali(ジェネラル:jeneraru(general)
Bagura- armeija(バグラ軍:bagura gun) tai Bagura-keisarikunta(バグラ帝国:bagura teikoku): Baguramonin johtama armeija, joka yrittää hallita Digimaailmaa. Jäseniä mm. Tactimon, Lilithmon, Blastmon, MachLeomon, MadLeomon, Neptunmon ja Baalmon.
Blue Flare(ブルーフレア:buruu furea)(Sininen lieska) on Kiriha Aonuman johtama armeija. Jäseniä mm. Greymon, MailBirdramon ja Golemon.
Twilight(トワイライト:towairaito)(Aamuhämärä) on Nene Amanon, myöhemmin hänen veljensä Yuun, johtama armeija. Jäseniä mm. DarkKnightmon ja Monitormon.
Xros Heart(クロスハート:kurosu haato)(Ristisydän) on Taiki Kudoun johtama armeija, joka yrittää puolustaa Digimaailmaa Bagura-armeijalta. Jäseniä: Ballistamon, Shoutmon, Starmon ja Pickmonit.