X-ohjelma(Xプログラム:Xpuroguramu(X-Program)) on Yggrasilin ohjelma, jolla on tarkoitus eliminoida 98% digimoneista, koska Digimaailma ei kestäisi digimonien ekspotentiaalista kasvua. Tarkoituksena oli, että 2% siirrettäisiin Uuteen Digimaailmaan turvaan X-ohjelmalta. Pieni osa digimoneista kuitenkin onnistui selviytymään X-ohjelmasta muuttamalla Digiydintään ohjelmalla, joka vastustaa X-ohjelmaa: X-vasta-aine.