Pimeyden siemen(暗黒の種(?): ankoku no tane) on väline, joka tekee kantajastaan älykkään ja urheilullisen. Pimeyden siemenet syntyivät, kun Milleniumon tuhottiin. Alkuperäinen siemen elää symbioosissa isäntäeliön kanssa. Jos siemen kopioidaan, kopio reagoi eri tavalla. Siemen puhkeaa kukkaan(暗黒の花: ankoku no hana(Pimeyden kukka)). Jos kukkaa ei poimita siemen itää ympäri kehoa ja isännästä tulee Pimeyden puu(暗黒の木:ankoku no ki(?)).